sábado, 28 de janeiro de 2012

Entendendo um poco a Genômica


Estes são fragmentos de uma palestra da Robin Buell,  Bióloga da Universidade Estadual de Michigan. Recomendo que seja lida toda a palestra (está disponivel para download no final do post), que aborda o assunto  com uma sequência cronológica e  didática muito boa.
"Então,  o  que  é  a  genômica  e  como  ela  revolucionou  o  modo  como  fazemos  pesquisas?  A  genômica teve o poder de causar um grande impacto na agricultura porque podemos observar o “projeto arquitetônico” da construção e do funcionamento de uma célula, o ou até mesmo  de  um  órgão.
Conseguimos  informações  que  explicam  como  a  célula  foi  construída,  o  que  ela  faz  em  resposta  ao ambiente,  a  patógenos  etc.  Conseguimos  entender  como  ela  funciona,  de  modo  que  podemos  tomar decisões inteligentes e fazê-la funcionar melhor. A genômica também nos permitiu passar do estudo de um gene isolado para o de vários genes simultaneamente. Essa foi a maior mudança de paradigma que tivemos  com  a  genômica,  pois  em  vez  de  estudamos  um  gene  por  vez,  podemos  estudar  dezenas, centenas,  milhares  ao  mesmo  tempo. 
vou comentar um pouco sobre o que é a genômica e espero não utilizar jargões e termos tecnológicos  e  sim  dar  uma  idéia  geral.  O  que  é  um  genoma?  Aqui  vemos  o  DNA  (ácido desoxirribonucléico).  Todos  os  seres  vivos  possuem  DNA.  Ele  é  a  base  molecular  da  célula,  seu “projeto arquitetônico”. Ele tem informações referentes à construção da célula, a seu crescimento, sua resposta  a  estímulos  como  luz  solar,  agentes  patógenos  etc.  
O  DNA  armazena  todas  as  informações referentes à resposta da célula a estímulos. A informação está codificada no DNA em forma de genes, que são pequenas unidades de informação. Podemos comparar com um livro, que possui muitas letras, mas  que  estão  organizadas  em  palavras;  ocorre  o  mesmo  com  o  DNA.  Não  são  esses  genes  que,  de fato, fazem o trabalho. Eles, na verdade, são decodificados e traduzidos em outros tipos de moléculas que são as que fazem o trabalho.  Então, o DNA é transcrito em RNA, que é então transcrito em proteínas, que são os verdadeiros blocos de construção da célula. Ocorre que temos um gene, que é o DNA, que se converte em RNA, que se converte  em  uma  proteína  etc.  Parece  algo  difícil,  muito  trabalhoso,  mas  isso  é  a  base  de  todas  as formas de vida e é um processo bastante eficiente. O genoma de um organismo é o conjunto de todosos seus genes. Um organismo pode ter somente mil genes, 10 mil genes ou até mesmo 40 mil genes
Há  duas  fitas  de  DNA  que  são  feitas  de  apenas  quatro bases  diferentes:  adenina,  timina,  citosina  eguanina (abreviadas como A, T, C e G). Elas podem aparecer em qualquer ordem no DNA, sendo quea ordem na qual as bases se organizam determina a informação que está codificada. O que é realmente intrigante  sobre  o  DNA  é  que,  sabendo-se  a  seqüência  de  uma  das  fitas,  pode-se  determinar  a seqüência da outra. 
Como podemos descobrir qual informação está armazenada no DNA? Temos de seqüenciá-lo, isto é, determinar a ordem dessas quatro letras dentro dos cromossomos. A idéia por trás do seqüenciamento é  a  de  descobrirmos  como  essas  bases  se  organizam  no  DNA,  como  se  produz  o  RNA  e  como  se fazem todas as proteínas e carboidratos.
Com relação ao seqüenciamento, partimos de uma tecnologia bastante  primitiva  há  15  anos  para  uma  tecnologia  bastante  avançada  atualmente.  Utilizamos tecnologia  de  ponta,  robótica.  É  um  processo  bastante  automatizado,  geralmente  feito  em  grandes nstalações,  em  instituições  que  podem  comprar  tal  equipamento robótico.  Então  podemos  produzir milhões de reações por dia em tais centros. Poderíamos seqüenciar completamente o genoma humano
O que podemos fazer com ele? Essa figura foi extraída de um jornal  chamado The  Philadelphia  Enquirer.  Podemos  afirmar  que  todos  os  problemas  relacionados com a genômica se devem ao fato de podermos coletar uma grande quantidade de dados e termos de descobrir  seu  significado.  Essa  é  a  parte  desafiante  da  genômica.  Seqüenciar  o  DNA  é  trivial,  há somente um gasto de dinheiro e tempo. Entender o que uma determinada seqüência faz, por outro lado, é bastante difícil. Então, literalmente, fazemos observações com nossas lentes de aumento e tentamos compreender  o  que  o  genoma  significa.  Isso  é  realmente  desafiador.  Portanto  temos  todo  o seqüenciamento  do DNA,  temos  essas  quatro  letras e precisamos identificar quais “palavras” estão escritas, o que os genes significam. 
A genômica nos permite observar a expressão gênica de modo processual. Mesmo que o  genoma do arroz tenha 41 mil genes, eles não estão todos ativos ao mesmo tempo, somente alguns estão ativos em determinadas  condições.  Então  podemos  tentar  descobrir  qual  conjunto  de  genes  é  ativado  quando  a planta está em um  meio hipertônico. Fazemos uma pequena plantação de arroz e adicionamos sal ao solo  para simular  o  plantio  em  regiões  litorâneas.  Podemos  nos  perguntar  quais genes  se  expressam, quais  genes  estão  sendo  decodificados  em  proteínas, e  isso  nos  indicará quais  genes são importantes para a resposta ao estímulo hipertônico. 
 A  genômica  nos  permite  observar  a  expressão  gênica  e  associá-la  com  um  fenótipo.  Neste  exemplo temos  plantas  cultivadas  com  exposição  à  luz  e  outras  cultivadas  no  escuro.  Estamos  tentando compreender o funcionamento dos genes relacionados à resposta à luz. Podemos selecionar genes da planta  que  foi  exposta  à  luz  e  marcá-los  com  um  corante  verde  e  fazer  o  mesmo  com  os  genes  da planta cultivada no escuro, utilizando um corante vermelho. Assim, vemos a expressão de todos os 41 mil genes simultaneamente. 
 Essa  experiência  faz-se  de  uma  única  vez,  leva-se  um  dia.  Ao  final  da  experiência,  os  resultados indicam o que todos os 41 mil genes estavam fazendo em termos de expressão. Cada um destes pontos representa  um  gene,  essa  escala  ao  lado  indica  a  quantidade  de  RNA  que  estava  disponível  para  tal gene. Se o ponto for verde, o gene se expressou somente sob influência da luz do sol. Se o ponto for vermelho, o gene se expressou somente no escuro. Se o ponto for amarelo, que é uma combinação de vermelho e verde, o gene se expressou em ambas condições. 
Podemos ver aqui todos os pontos verdes, mostrarei  a  vocês  quais  estavam  ativos  na  planta  que  recebeu  luz.  Os  amarelos  se  expressaram  nas duas  condições,  os  vermelhos  somente  no  escuro.  Podemos,  dessa  forma,  determinar  o  conjunto  dos genes  que  são  regulados  pela  exposição  à  luz,  dos  genes  regulados  pelo  escuro e  dos  genes  que  não são regulados por esses fatores. Podemos marcar todos os genes e descobrir sua atividade – podemos analisar  a  expressão  de  cada  um  dos  genes  do  genoma  do  arroz.  
Podemos  examiná-los ndividualmente, o gene 01, o gene 02, o gene 03, assim por diante, até o gene 41 mil. Em  seguida  podemos  cultivar  plantas  mutantes  e  compará-las  com  as  plantas  selvagens  normais,  de modo que podemos descobrir a função dos genes. Aqui vemos a flor da planta selvagem, e aqui a flor da planta que contém um gene mutante. Esta tem flores macho com tons amarelados, esta tem flores brancas.  Aqui  vemos  a  planta  selvagem  e  esta  é  uma  mutante.  Esta  é  verde,  pois  tem  clorofila;  esta outra  é  branca,  pois  tem  uma  mutação  em  sua  clorofila.  Temos  um  banco  de  dados  de  mutantes  no qual  podemos  consultar  mutações  em  qualquer  um  dos  41 mil genes.  Podemos  cultivar  a  planta  e verificar sua diferença com relação à variedade selvagem. Esse recurso é muito interessante. 
 Também podemos observar especificamente respostas e alterações no arroz por causa dos mutantes. O silício,  um  micronutriente  dos  vegetais,  é  absorvido  em  grandes  quantidades  pelo  arroz.  Por  que  o arroz  acumula  silício?  Ele  é  necessário  para  um  crescimento  saudável,  é  muito  importante  para resistência a patógenos e insetos. O silício também aumenta a resistência física da planta. Então, a falta de  silício  representa  uma  maior  vulnerabilidade  a  doenças,  menor  rigidez  do  talo  e  redução  do transporte  de  água.  O  silício  é  necessário  em  pequenas  quantidades,  mas  é  muito  importante  para  o arroz. Se houver uma deficiência de acúmulo de silício, a planta de arroz terá uma aparência doente." 

Fonte: 
www.revistapesquisa.fapesp.br

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